כתבה
arXiv cs.LG ·
שיקום מולקולות מבקבוקי גרסה-גבוהה: גנרציה-מסוגרת-בחזקת-חופשי-אנרגיה למפת-שוב-בחזרה דרך המרחב הכימי
Recovering molecules from coarse-grained beads: free-energy-conditioned generative backmapping across chemical space
במאמר זה, פותחים דגם גנרטיבי-מסוגרת-בחזקת-חופשי-אנרגיה, המסוגל לשקום מולקולות מבקבוקי גרסה-גבוהה. הדגם, הנקרא juniper, משתמש בדיפוזיה-מסוגרת-בחזקת-חופשי-אנרגיה על גרפים-מולקולריים, ומתבסס על החופשי-אנרגיה-הקשורה לפרטיציה-מים-אוקטנול. juniper מצליח לשקום מולקולות שהן 93% תקינות ו-92% ייחודיות, ומסוגל לשחזר את החופשי-אנרגיה-הקשורה לפרטיציה-מים-אוקטנול.
תקציר מקורי באנגליתarXiv:2609.04432v1 Announce Type: cross Abstract: Transferable coarse-grained (CG) force fields compress chemical space: by aggregating atoms into a reduced set of interaction beads, models such as MARTINI reduce the number of distinguishable compounds by roughly three orders of magnitude, making high-throughput screening of thermodynamic properties tractable across soft matter, with drug--membrane permeability as a well-developed example. The compression is lossy and, so far, one-way: a screen returns a combination of beads, with no established route back to the compounds it stands for. Recovering those compounds--compositional backmapping--is a one-to-many inverse map, distinct from the better-studied conformational problem of rebuilding atomic coordinates from a known mapping. Here we f
קרא במקור המקורי
arxiv.org
פתח כתבה מקורית